Manciuria, confine tra Unione Sovietica e Cina, anno 1950. Un treno militare proveniente dalla Russia sovietica e carico di criminali di guerra accusati di aver collaborato con l'invasore giapponese durante la guerra fa il suo arrivo in un avamposto della Repubblica Popolare Cinese. Tra i prigionieri vi è Aisin Gioro Pu Yi, l'ultimo e ormai ex imperatore cinese: non si distingue per nulla dagli altri prigionieri, e i soldati lo trattano con la stessa durezza che riservano agli altri ostaggi. Facendo drammaticamente i conti con un avvenire nei panni di un carcerato senza importanza e prospettive, peraltro alla totale mercé di un feroce e onnipotente regime comunista, tenta il suicidio tagliandosi le vene dei polsi e immergendo le mani nell'acqua calda di uno squallido gabinetto. Mentre i guardiani tentano di sfondare la porta, intuendo il sospetto, la mente del moribondo inizia a rievocare la sua vita fin dal primo ricordo d'infanzia.

La vicenda si sposta a Pechino, nel lontano 1908. La millenaria Cina di questi anni e il suo impero sono scossi da avvenimenti politici e sociali disastrosi, oltre che da intrighi di palazzo e nobiliari assai tortuosi. Tutta quanta l'aristocrazia e la burocrazia si fondano infatti sulle cospirazioni, ogni casa feudale complotta per un sempre maggior potere. La corruzione e l'ambizione sono dovunque, soprattutto adesso che l'imperatore è appena morto, avvelenato dalle persone che gli erano più vicine appena dopo aver detto di voler riformare da cima a fondo l'impero, che ora attende di incoronare il nuovo Signore dei Diecimila Anni. Aisin Gioro Pu Yi, un tenero pargoletto di appena tre anni e figlio del principe Chun, viene condotto per ordine dell'Imperatrice Vedova entro le mura della mitica Città proibita, luogo riservato alla personale dimora imperiale e sede della celebre corte di eunuchi. Ivi, il bambino assiste alla morte della vecchia sovrana, chiamata il "Vecchio Buddha", e da cui è nominato erede al trono.

Immediatamente dopo, durante un'antichissima cerimonia ricca di colore e solennità, il bambino viene incoronato nuovo Signore dei Diecimila Anni in presenza dei più alti dignitari cinesi e militari; come animale domestico gli viene donato un piccolo grillo da un suddito che ha viaggiato fino alla capitale per assistere all'evento. Dal giorno dell'incoronazione in avanti, Pu Yi viene tenuto isolato da tutto il resto della Cina e del mondo circostante nel celestiale Palazzo Imperiale, da cui gli è categoricamente impedito di uscire. Per ovvi impedimenti d'età, non viene informato di questioni di governo e di Stato, e non esercita minimamente il suo immenso potere in favore dei suoi infidi ministri e degli intriganti eunuchi di corte, i quali lo crescono in un clima di forte ipocrisia e opportuno servilismo. L'unica persona che lo ama veramente è Ar Mo, la sua splendida balia. A questo punto, la scena ritorna al 1950, e Pu Yi viene salvato dal governatore del carcere, che gli tampona le ferite e lo fa trasportare fino alla sua cella, dove viene internato insieme al fratello minore, che gli fa ricordare ancora l'infanzia alla Città proibita, dove un giorno riceve la visita sua e della madre, che gli portano in dono un aquilone di altissimo pregio. Ma ormai l'impero cinese, dopo anni di stremo e sommosse in ogni dove, collassa definitivamente: la Cina viene sconvolta dalla guerra civile e diviene una repubblica. Il piccolo Pu Yi viene di fatto lasciato regnare solamente sulla sua corte di dignitari ipocriti e adulatori entro le mura della Città proibita. Fregiato ironicamente del titolo di Imperatore della Città proibita, ormai si rende conto di essere imperatore solo per burla, come il suo stesso affezionato Gran Tutore, suo unico amico e consigliere, gli fa capire benevolmente. Nello stesso periodo, Ar Mo gli viene portata via per sempre, e a lui non resta che rimanere solo in compagnia di severe e odiose Alte Consorti, mogli dei precedenti Signori dei Diecimila Anni. La scena si sposta prima al 1950 e poi al maggio 1919, quando un gentiluomo europeo assume l'incarico di precettore privato del sovrano ormai adolescente, dal quale riceve l'onore di risiedere stabilmente alla Città proibita e il diritto di essere trasportato in una raffinata lettiga da quattro portatori. Mr. Johnston, persona estremamente colta, raffinata e distinta, molto piena di umanità e saggezza, è il primo ad affacciare l'imperiale discepolo alla realtà e alla modernità, con una profonda e sincera nota benevolenza, attirandosi però le pregiudiziali antipatie e le contrarietà delle dame di compagnia e degli eunuchi. Il massimo degli attriti si raggiunge quando il precettore insiste perché Pu Yi indossi stabilmente gli occhiali, prevenendo una sicura perdita della vista, e impari a usare la bicicletta. Poco dopo essere rimasto orfano di madre, morta dopo aver inghiottito una palla di oppio, il giovane sovrano prende due mogli, lamentandosi con Mr. Johnston di non aver potuto scegliere, e di volere piuttosto una moglie moderna che sappia ballare i moderni passi dell'Occidente e che parli inglese e francese. Più volte parla al suo precettore di voler andare a Oxford, all'università, scappando da tutto ciò che ha sempre conosciuto.

La scena ritorna alla prigione comunista di Fushun nel 1950, e Pu Yi viene chiamato per la prima volta agli interrogatori. Il personale non lo chiama neppure più con il suo nome, ma con il solo numero di matricola, 981, e lo inquisisce sulla sua vita e le colpe di cui viene accusato dal governo centrale cinese: gli viene accreditata l'accusa di essere un collaborazionista, un traditore e un controrivoluzionario. L'ultimo imperatore, visibilmente umiliato e spogliato di tutta la sua aristocratica alterigia, comincia a narrare flebilmente le circostanze che lo portarono fuori della Città proibita fino a subire l'influenza pesante dei giapponesi, mentre le scene si spostano proprio in quel periodo, quando cioè il governo centrale cinese viene sciolto e costretto alla fuga, facendo si che la Cina si divida in tante parti soggette a differenti signori della guerra che per tempo si combattono in ogni dove per il controllo definitivo di uno Stato che ormai si è fatto corrotto quanto il vecchio impero. Gran parte della Cina finisce sotto il controllo del generale Chiang Kai-shek e dei nazionalisti del Kuomintang. Tratto in arresto, Pu Yi trova rifugio all'ambasciata giapponese, dove gli viene promesso il regno sulla Manciuria, terra di origine della sua antichissima dinastia. Per anni, mentre la Cina si logora con le lotte dei signori della guerra, l'ex regnante si trasforma in un playboy di provincia a Tientsin, dove assume il nome di Herry Pu Yi. I suoi dignitari non si stancano mai di indurlo a spendere soldi su soldi nel tentativo di comperare i prodotti dell'Occidente e la più preziosa amicizia di qualche personaggio influente, sia esso cinese, giapponese o qualche generale della Russia Bianca. Nel frattempo, il suo legame con la sua seconda moglie si deteriora fino al giorno in cu lei confessa di sentirsi trascurata, andandosene via invocando il divorzio. Alla notizia che i Kuomintang hanno profanato le tombe imperiali arricchendosi con il bottino e divertendosi a squartare i cadaveri ivi sepolti, Pu Yi si decide a collaborare definitivamente e totalmente con i giapponesi, per il cui imperatore, suo quasi coetaneo, prova stima e considerazione. La notizia però desta paura nella moglie che gli è rimasta accanto e nel Gran Tutore, i quali più volte tentano di fargli capire che i giapponesi si stanno approfittando di lui per i propri meschini interessi personali di conquista.

Nel 1934, a seguito di una fastosa incoronazione, viene messo a capo del Manchukuo, il quale, dietro la facciata di stato manciuriano indipendente, diviene presto una colonia dove i giapponesi sperimentano armi chimiche, incoraggiano l'immigrazione nipponica e commerciano oppio, la cui produzione e commercializzazione diventa l'attività più prospera e adatta per finanziare la guerra. Erroneamente convinto della cortesia e dell'amicizia con i giapponesi, Pu Yi è solo un burattino sfruttato come copertura degli invasori nipponici. A seguito di una visita in Giappone, dove viene ricevuto dall'imperatore Hirohito, tenta di frenare l'influenza nipponica in Manchukuo, sostenendo che la Manciuria sia un alleato del Giappone, e non una sua colonia. La reazione che i suoi timidi tentativi riscuotono sono l'ira del signor Amakasu, il suo consulente giapponese, e l'allontanamento dei suoi stessi collaboratori.

In giro per il mondo infuria la devastante Seconda guerra mondiale, destinata a stravolgere gli equilibri mondiali e a cambiare le nazioni, ma per Pu Yi i cambiamenti non volgono certamente in meglio: i nipponici disarmano la sua guardia personale e allontanano l'imperatrice dal Palazzo imperiale, la quale ha appena partorito un bambino nato, a detta dei giapponesi, "da un'unione adulterina con l'autista dello stesso imperatore", e che viene ucciso per iniezione letale facendolo credere nato morto. Nel 1945, infine, al termine della guerra, i giapponesi stanno per essere sconfitti e abbandonano Pu Yi al suo destino: i fedeli dell'imperatore cercano di salvarlo portandolo in Giappone, ma l'aereo viene intercettato prima del decollo e Pu Yi viene catturato dai sovietici; trascorrerà cinque anni di detenzione in Russia, prima di venire consegnato ai maoisti. Nel 1959, dopo nove anni trascorsi sottoposto a una totale rieducazione tesa a fare di lui un cittadino modello della Cina comunista, durante i quali ha studiato il Maoismo e lavorato con passione come giardiniere, l'ultimo imperatore viene rimesso in libertà per ordine del Supremo Tribunale del Popolo: alla sua uscita dal carcere è ormai un uomo vecchio e stanco, completamente solo, la Cina come lui la conosceva è cambiata radicalmente in tutti i settori della società e della politica, lasciando lo spazio a una nazione assai differente, e in giro non è rimasto nessuno di quelli che conosceva e che conoscevano lui, nessuno che abbia mai sentito pronunciare il suo nome. Non gli resta quindi che vivere una malinconica e invisibile vita da giardiniere, come i milioni di cittadini senza ricchezze, fama, cariche, titoli onorifici.

Nel 1967, nel pieno della famigerata Rivoluzione culturale e all'apice della dittatura di Mao, e del suo culto personale, Pu Yi assiste in mezzo alla folla in delirio a una manifestazione delle Guardie Rosse, che trascinano in piazza alcuni cittadini accusati di varie colpe contro la Cina comunista: tra di essi vi è il governatore della sua stessa prigione, accusato di revisionismo, servilismo di casta e controrivoluzione. Per l'ex sovrano cinese questo è un duro colpo, poiché l'uomo che ha fatto di lui un cittadino modello agli occhi del regime comunista è stato di fatto estromesso dallo stesso governo centrale di Pechino. Dopo essere stato violentemente trascinato via e sbattuto per terra da un gruppo di giovani esaltati, l'anziano e malfermo Pu Yi paga come un qualsiasi altro turista il biglietto all'entrata della sua ex reggia, la Città proibita, che visita con grandissima commozione. Anche se oramai è divenuta poco più di un superficiale museo a cielo aperto e una semplice attrazione per i visitatori, l'ultimo imperatore la visita in lungo e in largo rievocando i lontani giorni perduti in cui la abitava. Quando incontra il figlio del custode del museo, gli confida di esser stato l'ultimo Imperatore della Cina, e per dimostrarlo estrae da sotto il trono una scatola con dentro, ancora vivo, il grillo che gli era stato donato sessant'anni fa, all'atto della sua incoronazione. Il ragazzo si volta dalla parte di Pu Yi, ma l'Imperatore è scomparso. Il film si conclude nei tempi moderni, con una folla di turisti che accede all'imponente sala dove Pu Yi fu incoronato da piccolo, e la guida cita la sua morte avvenuta nel 1967.